Un chercheur canadien étudie les «communautés» microbiennes du corps humain

Le Dr Josh Neufeld, microbiologiste de l'environnement à l'Université de Waterloo, et ses collègues explorent ces écosystèmes et tentent de déterminer à quoi ressemblent les populations de bactéries dans les différentes parties du corps chez des personnes en santé. «Le corps humain est un type d'environnement comme un autre, explique le Dr Neufeld. Il est important de comprendre comment les organismes qui vivent dans cet environnement agissent sur notre santé.»

Les chercheurs ont compris il y a longtemps l'importance du rôle joué par les bactéries dans le maintien – et parfois la dégradation – de la santé. Cependant, les outils d'autrefois ne permettaient pas d'identifier les espèces présentes dans le corps humain et d'établir leur rôle dans la prévention ou le déclenchement de la maladie.

La cartographie du génome humain a engendré des outils puissants et rapides que des chercheurs comme le Dr Neufeld pourraient adapter pour obtenir un portrait presque complet des populations de bactéries abritées par le système digestif. Le Dr Neufeld et son équipe travaillent activement à la mise au point et à l'application de nouvelles technologies qui permettront aux chercheurs de décrire les populations bactériennes par le séquençage du matériel génétique contenu dans les ribosomes (site de synthèse des protéines dans la cellule) des bactéries. «Pour ce projet, nous avons décidé de recourir à une technique que nous avions mise au point et qui permet de dresser un profil très détaillé des populations – même les organismes rares sont échantillonnés grâce à cette approche», explique le Dr Neufeld.

Avec l'aide financière des Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC), les chercheurs prélèveront et identifieront des bactéries dans la bouche, l'estomac, le gros intestin, l'intestin grêle et les matières fécales, afin de créer un portrait des populations bactériennes présentes chez des hommes et des femmes en santé. Le Dr Neufeld estime pouvoir générer un nombre de séquences sans précédent. «Après avoir démontré qu'il s'agit d'une façon économique et très complète d'étudier des communautés bactériennes, et avoir décrit les bactéries présentes dans un corps sain, nous pourrons alors étudier l'évolution de ces communautés dans divers états pathologiques», poursuit le Dr Neufeld. À l'échelle mondiale, le milieu de la recherche a déjà recensé certaines affections, comme les ulcères, la maladie de Crohn et l'obésité, pour lesquelles les populations bactériennes à certains endroits du corps changent de manière dramatique et distinctive. Cependant, on comprend mal les causes de ces changements et leur rôle dans le processus pathologique. «La diversité des micro-organismes qui peuplent notre corps a peut-être des avantages, en procurant une certaine stabilité aux populations. Ce sont quelques-unes des questions auxquelles nous espérons répondre», conclut le Dr Neufeld.